为有效实施《境外非政府组织境内活动管理法》，国家林业局研究制定了《国家林业局司局单位与境外非政府组织合作与交流管理办法》（以下简称《办法》），进一步规范和指导各司局、各直属单位及省级林业主管部门与境外非政府组织开展合作与交流，有效管理境外非政府组织在华活动。

《办法》对国家林业局各司局、各直属事业单位以及挂靠的协会、学会、基金会与境外非政府组织开展合作与交流的指导原则、责任分工、工作规范及流程做了明确规定，并指出要依法为境外非政府组织在华开展项目和业务活动提供必要的便利以及政策咨询。省级林业主管部门应当协助指导、管理国家林业局担任业务主管单位的境外非政府组织在本地的各项活动，省级林业主管部门与国家林业局担任业务主管单位的境外非政府组织磋商的年度合作计划和项目清单，以及本省林业主管部门与境外非政府组织年度开展活动的情况应当及时向国家林业局报备。

《办法》要求与境外非政府组织开展合作与交流应当符合我国林业发展总体目标和规划要求，适应林业发展需要，依法依规、互惠互利，不得接受未依法登记代表机构、开展临时活动未经备案的境外非政府组织的委托、资助，代理或者变相代理境外非政府组织在境内开展活动。